Quando as lojas da conta têm CNPJs diferentes (por exemplo, duas empresas do mesmo dono), cada CNPJ é uma empresa, e o grupo é a soma delas. O Jefácil mostra cada empresa separada, o consolidado do grupo e tira do total o que só andou de uma empresa para a outra.

Quem é uma empresa

O que define a empresa é a raiz do CNPJ, os 8 primeiros dígitos:

Matriz e filiais com a mesma raiz são uma empresa só. Dinheiro entre elas é transferência.
Lojas com raízes diferentes são empresas diferentes do grupo. Dinheiro entre elas é transferência entre CNPJs, mútuo ou uma venda de uma para a outra.
Uma loja sem CNPJ cadastrado fica de fora das visões por CNPJ.

Relatórios por CNPJ

Estes relatórios têm a opção Colunas: CNPJ no lugar de Colunas: filiais:

Financeiro › DRE gerencial (DRE)
Financeiro › Plano de contas (relatório)
Financeiro › Orçamento

O Fluxo de caixa ganha a seção Por CNPJ, e o relatório de Contabilizações tem a coluna CNPJ.

Por CNPJ, as colunas são:

uma por empresa (as filiais dela somadas);
a soma das empresas;
Eliminação: o que andou entre as empresas do grupo;
o grupo: a soma depois da eliminação.

O que é eliminado

Transferência entre CNPJs. Se a empresa A manda R$ 10 mil para a empresa B, esse valor aparece saindo de A e entrando em B, e se anula no consolidado do grupo.

Receita e despesa entre as empresas. Se A cobra aluguel de B, a receita de A e a despesa de B somem do DRE do grupo. Para isso, lance a conta com o campo Empresa do grupo preenchido (em vez de fornecedor ou cliente), nos dois lados: a conta a receber em A e a conta a pagar em B.

Só a parte igual dos dois lados é eliminada.
Se um lado lançou R$ 5.000 e o outro R$ 4.500, o DRE avisa o descasado, e a diferença segue no total do grupo até o outro lado ser acertado.
Um lado lançado sozinho não é eliminado. O grupo mostra o que está lançado.

Mútuo entre empresas

Um empréstimo de uma empresa do grupo para outra é um mútuo. Em Contas a pagar ou Contas a receber, abra Mais › Mútuos entre empresas e use Registrar mútuo:

Quem empresta e quem recebe o empréstimo: as lojas das duas empresas.
Valor, data do empréstimo, devolver até e descrição.
Se o dinheiro já saiu, marque O dinheiro já saiu de uma conta para a outra e escolha as duas contas. A transferência é lançada junto.

Nascem dois títulos: um a receber em quem emprestou e um a pagar em quem recebeu. Os dois ficam fora do DRE (empréstimo não é receita nem despesa) e são eliminados no consolidado.

Baixar mútuo baixa os dois lados de uma vez: a devolução sai de quem tomou e entra em quem emprestou.
Se só um lado for baixado (pela tela normal ou pelo extrato), o mútuo fica Descasado, e o diálogo oferece Baixar o outro lado com a diferença.
Os dois títulos se desfazem juntos e só enquanto nenhum dos dois tem baixa.
Entre matriz e filial não existe mútuo, porque são a mesma empresa. Use uma transferência.

Registrar um mútuo exige acesso ao financeiro das duas lojas.

Dono legal da conta da empresa

Uma conta bancária da empresa (sem loja) pertence a algum CNPJ. Em Bancos, no cartão da conta, Dono legal (CNPJ) diz qual. Nos relatórios por CNPJ, o que passa por essa conta entra na coluna daquela empresa. Sem dono, fica numa coluna Empresa.

Transferir para outra loja

Em Bancos, Transferir também move dinheiro para a conta de outra loja. O campo Para lista as contas de todas as lojas em que você gerencia bancos, agrupadas por loja, e as contas da empresa por último. Entre lojas do mesmo CNPJ é transferência comum. Entre CNPJs diferentes, ela é eliminada no consolidado do grupo.